İstanbul''da kalabalık bir caddede büyük bir patlama meydana gelir. 30''u Amerikalı, 5''i İngiliz, 95 kişi ölür. Bu katliam Türkiye''den Londra ve Washington''a şok dalgaları halinde yayılır. Yeni kurulmuş olan bir terör örgütü saldırıyı üstlenir. Bu patlama yalnızca bir başlangıçtır.

Labirent, bölgedeki tek demokratik Müslüman ülke olan Türkiye''yi kaosa sürükleyecek ve Orta Doğu''daki hassas dengeleri bozacak ikinci ve daha acımasız bir saldırıyı önlemek amacıyla Türk İstihbaratı tarafından yürütülen operasyonun kod adıdır. İlk saldırıdan sonra Türkiye, teröristler ve Türk, Amerikan ve İngiliz istihbarat teşkilatlarının savaş alanı haline gelir. İstanbul''dan Mardin''e, Frankfurt''tan Kuzey Irak''a uzanan bu mücadelede herkesin kendine ait bir gündemi vardır.

Hikâye, bir grup Türk istihbaratçısının ve onların terörist örgütü durdurma çabaları üzerine kuruludur. Bu grup Fikret ve Reyhan adlı iki istihbaratçı tarafından yönetilir. Fikret, hayatında işinden başka hiçbir şeyi olmayan yalnızlığı seçmiş bir istihbaratçıdır. Reyhan ise ülkenin en iyi istihbaratçılarından biri olmasının yanında aile hayatıyla kariyeri arasındaki dengeyi korumaya çalışan bekâr bir annedir. Fikret açıkça dillendiremese de ikisinin ortak mücadeleleri ve yaşadıkları zorluklar onları bir araya getirir.